Conţinut
- Enzime de restricție și site-uri de restricție
- Orientarea corectă
- Ligarea capetelor lipicioase necesită mai puțin ADN
- Diferite enzime pot da același final lipicios
Clonarea moleculară este o metodă comună de biotehnologie cu care orice student și cercetător ar trebui să fie familiarizat. Clonarea moleculară folosind un tip de enzimă numită enzimă de restricție pentru a tăia ADN-ul uman în fragmente care pot fi apoi introduse în ADN-ul plasmidic al unei celule bacteriene. Enzimele de restricție au tăiat ADN-ul dublu-catenar în jumătate. În funcție de enzima de restricție, tăierea poate duce la un capăt lipicios sau la un capăt contondent. Capetele lipicioase sunt mai utile în clonarea moleculară deoarece asigură că fragmentul ADN uman este introdus în plasmidă în direcția corectă. Procesul de ligare, sau fuzionarea fragmentelor de ADN, necesită mai puțin ADN atunci când ADN-ul are capete lipicioase. În cele din urmă, mai multe enzime de restricție de capăt adeziv pot produce același capăt lipicios, chiar dacă fiecare enzimă recunoaște o secvență de restricție diferită. Acest lucru crește probabilitatea ca regiunea ADN-ului dvs. de interes să poată fi tăiată de enzimele finale lipicioase.
Enzime de restricție și site-uri de restricție
Enzimele de restricție sunt enzime care taie recunosc secvențe specifice pe ADN dublu catenar și taie ADN-ul în jumătate la acea secvență. Secvența recunoscută este numită site de restricție. Enzimele de restricție sunt numite endonucleaze, deoarece taie ADN-ul dublu-catenar, care este modul în care ADN-ul există în mod normal, în locațiile care se află între capetele ADN-ului. Există mai mult de 90 de enzime de restricție diferite. Fiecare recunoaște un site distinct de restricție. Enzimele de restricție își scindă locurile respective de restricție de 5.000 de ori mai eficient decât alte site-uri pe care nu le recunosc.
Orientarea corectă
Enzimele de restricție vin în două clase generale. Fie tăiați ADN-ul în capete lipicioase, fie capete contondente. Un capăt lipicios are o regiune scurtă de nucleotide, blocurile de bază ale ADN-ului, care este nepereche. Această regiune nepereche este numită suprapunere. Se spune că suprapunerea este lipicioasă pentru că vrea și se va împerechea cu un alt capăt lipicios care are secvență complementară. Capetele lipicioase sunt ca gemenii pierduți de mult timp care caută să se îmbrățișeze strâns, odată ce se întâlnesc. Pe de altă parte, capetele contondente nu sunt lipicioase, deoarece toate nucleotidele sunt deja împerecheate între cele două catene de ADN. Avantajul capetelor lipicioase este că un fragment de ADN uman nu se poate încadra decât într-o plasmidă bacteriană într-o singură direcție. În schimb, dacă atât ADN-ul uman cât și plasmida bacteriană au capete clare, ADN-ul uman poate fi introdus cap la coadă sau coada-în-cap în plasmidă.
Ligarea capetelor lipicioase necesită mai puțin ADN
Deși ADN-ul cu capetele de băț are mai ușor timp să se găsească unul pe altul din cauza „lipicioasei” lor, nici capetele lipicioase, nici capetele contondente nu se pot contopi într-o bucată continuă de ADN. Formarea unei bucăți continue de ADN care este complet legată necesită o enzimă numită ligază. Ligazele conectează coloana vertebrală a nucleotidelor la capetele lipicioase sau contondente, rezultând într-un lanț continuu de nucleotide. Deoarece capetele lipicioase se găsesc reciproc mai rapid datorită atracției lor unul pentru celălalt, procesul de ligare necesită mai puțin ADN uman și mai puțin ADN plasmidic. Capetele clare ale ADN-ului și plasmidelor sunt mai puțin susceptibile să se găsească între ele, și, astfel, legarea capetelor contondente necesită mai mult ADN în eprubeta.
Diferite enzime pot da același final lipicios
Siturile de restricție sunt localizate pe întregul genom al organismelor, dar nu sunt distanțate uniform. În plasmide, acestea pot fi proiectate pentru a fi amplasate chiar unul lângă celălalt. Oamenii de știință care doresc să decupeze un fragment de ADN uman din genomul uman trebuie să găsească situri de restricție care se află în fața și în spatele regiunii fragmentului. În plus față de a se asigura că un fragment de ADN este inserat în direcția corectă, diferite enzime de capăt lipicioase pot crea același capăt lipicios, chiar dacă recunosc secvențe de restricție diferite. De exemplu, BamHI, BglII și Sau3A au secvențe de recunoaștere diferite, dar produc același capăt lipicios GATC. Acest lucru crește probabilitatea ca vor exista site-uri de restricție la capăt care să flancheze gena umană de interes.